خدمت سربازی او را به فجر سپاه تهران فرستاد و بعد از آن به زادگاهش یعنی شیراز بازگشت و به تیم فجر سپاسی رفت. در آن زمان محمود یاوری، سرمربی فجر بود ولي با آمدن غلامحسین پیروانی شرایطش در این تیم بسیار بهتر شد و به دروازه بان اصلی فجری ها تبدیل شد که توانست خیلی زود نامش را مطرح کرده و فرهاد کاظمی او را به اصفهان کشاند. رحمتی اما در اصفهان چندان موفق نبود و به خصوص با گل هایی که در چند بازی از جمله دیدار با العین در نقش جهان خورد خیلی ها را آینده اش نامید کرد ولی در آغاز لیگ پنجم بود که قلعه نویی او را به استقلال آورد، او در استقلال نتوانست چندان بازی کند و بیشتر اوقات زیر نام وحید طالبلو قرار گرفت، فصل بعد اما اوضاع بدتر هم شد و همه این اتفاقات زمینه حضور رحمتی را در کرمان فراهم آورد، او در فصل اول حضورش در مس بد کار نکرد ولی اوج دوران بازی اش را در لیگ هشتم نمایش داد، جایی که مس کرمان با درخشش مهدی رحمتی از سد همه رقبا گذشت و سهمیه حضور در لیگ قهرمانان آسیا را هم گرفت. رحمتی در این فصل چند بازی درخشان از جمله دیدار با پرسپولیس در تهران داشت و همین نمایش ها  بود که باعث شد تا دروزاه بان اول تیم ملی باشد و با درخشش در بازی های مقدماتی جام جهانی به خصوص در بازی با امارات در ابوظبی همه را به تحسین وادارد و برترین بازیکن آن دیدار شود. او در ابتدای لیگ نهم دوباره به سپاهان بازگشت تا باز هم با امیر قلعه نویی کار کند.

 مهدی رحمتی سابقه عضویت در تیم ملی جوانان و تیم ملی امید را دارد و اینک پیراهن شماره یک تیم ملی را هم برتن دارد.